Tous connaissent le Héros du Temps, devenu célèbre pour avoir réussi à vaincre Ganondorf après sept années de règne dévastateur. Le Seigneur du Malin fut emprisonné à jamais, les Sages scellant son esprit loin de tout, là d'où il ne pourrait jamais ressortir seul. Et la magie de la Princesse Zelda fut suffisamment puissante pour effacer les années de malheur d'Hyrule, faisant remonter le cours du temps et faisant disparaître les souvenirs des habitants. Le pays, sous l'égide de sa nouvelle reine, put enfin connaître la paix.

Mais celle-ci ne dura pas éternellement. Des rumeurs sur le retour de Ganondorf se répandirent, évoquant bientôt sa présence dans une île volant dans le ciel du royaume. Puis de la Vallée Gerudo vint la terrible nouvelle : le Seigneur du Malin avait repris son trône de Roi du Désert. Le pays semblait sur le point de basculer à nouveau dans le chaos, en dépit des affirmations du Gerudo qu'il ne cherchait pas la guerre.

Et de guerre, il n'y eut effectivement pas. Mais les temples, eux, furent pris d'assaut par les fidèles de l'Elu de Din. Et tous, à l'exception de celui de la Forêt, tombèrent entre les griffes de leurs Gardiens, créatures démoniaques opposées aux Sages, en dépit des efforts de ces derniers et de la Reine pour les défendre. La puissance des Sages réunis, qui avait vaincu le Roi sombre lors des années perdues, était hors de portée, les temples étant scellés pour empêcher toute nouvelle intrusion.

L'avenir s'annonçait ainsi bien sombre, et les efforts de la Reine et du Héros bien dérisoires face à la puissance du Seigneur du Malin. Cependant, rien n'est encore joué, et les efforts de chaque habitant d'Hyrule aideront la balance à pencher dans un sens... ou dans l'autre.